2007年1月、JR東日本は新型の気動車、キハE130系を投入しました。両運転台型のキハE130、片運転台型のキハE131+キハE132がそれぞれ13両ずつ、計39両が水郡線に投入されました。車体はE231系に準じた軽量ステンレス製、扉は片側3か所の両開き扉でステップが設置されてホームとの段差が少なくなるように考慮されました。前面はFRP製で貫通扉が設置されています。キハE130には久慈川と紅葉をイメージした朱色のシンボルカラーが、キハE131、キハE132は久慈川と新芽をイメージした青緑色のシンボルカラーがあしらわれ客用扉や前面帯はイエローとなりました。
JR東日本は2022年3月28日より「Suigun Line イエローハッピートレイン」を運行しています。オリジナルの朱色と青の装飾部分をイエローとし全体をイエロー1色の装飾としました。水郡線全線運転再開1周年記念と、2021年の「フレ！振れ！水郡線」イベントで黄色の旗を振った参加者へ感謝の気持ちを込めて運行されています。